徳川家対豊臣家の攻防を軸に据えた時代劇に、タイトル通りの特撮による“大龍巻“を巻き起こす、パニック・スペクタクルの要素を加えた大作。大阪・夏の陣で、徳川勢の攻撃を受け豊臣方の大坂城は陥落した。徳川方に寝返った者もいたが、主人公たち3人や侍女らは市中へと紛れ逃げ延びた。その後、裏切り者や忍者たちと関わっていくが……。ラスト近くの龍巻シーンが圧巻。

新免武藏（三船敏郎 饰）与好友本位田又八（三国连太郎 饰）为出人头地，参加了关原之战，但武藏这一方遭遇惨败。两个人逃亡途中迷路，幸得阿甲（水户光子 饰）和朱实（冈田茉莉子 饰）母女相救。武藏拒绝了朱实的求爱，独身返回故乡美作，又八则抛弃老家的爱人阿通（八千草薰 饰），与阿甲结合。　　武藏强闯关卡被官兵通缉，又八的母亲亦因为看不到儿子愤恨不已，武藏成了众矢之的。关键时刻僧人泽庵（尾上九郎又兵卫 饰）搭救武藏，将其吊在树上磨练意志。一代宗师宫本武藏开始经历人生第一个磨难……

改编自日本江户时代中期元禄年间，赤穗藩家臣47人为主君报仇的真实事件。

海岛国王之儿子小椎命，英勇绝伦，熟谱兵法。继母为人阴险，一心想自己的儿子继成皇位，遂阴谋除去皇子，向天皇献议，命皇子率兵征服饶勇善战之熊曾族人，并深信皇子必战死沙场。殊不知皇子化装为妇人，单人匹马潜入敌营，一举杀死熊曾族兄弟二人……

宿命的相逢之后，佐佐木小次郎（鶴田浩二 饰）苦练技艺，一心打败宫本武藏（三船敏郎 饰）。这之后，小次郎来至江户谋求官职，期间与同在江户的武藏邂逅，两人约定东门决斗。然决斗前夜，武藏致信请求将决斗延期一年。次日武藏和城太郎（樱井将纪 饰）、熊五郎（田中春男 饰）旅行来至乡下，师徒三人一面锄地耕作，一面教习农民武艺，抵抗土匪。　　这期间阿通（八千草薰 饰）和朱实（冈田茉莉子 饰）先后来此寻找武藏，朱实更在匪乱中不幸丧命。一年后，小次郎成为细川家臣，岩流岛将成为他和武藏的命运转折点……